Die Briten bedienten sich bei der Verwaltung von Uganda zum Teil schon vorhandener Institutionen in den Königreichen, zum Teil setzten sie Ugander auch als Verwaltungsagenten ein. Diese Vertreter behandelten vor allem das Königreich Bunyoro wie ein erobertes Gebiet und hatten dafür die Unterstützung der Briten. 1907 löste dies eine Rebellion aus.
Das Königreich Baganda erhielten ebenso koloniale Verwaltungsaufgaben nördlich des Nils, wo die koloniale Verwaltung keine den Reichen im Süden ähnliche staatliche Strukturen vorfand. Der kleinräumig organisierte Norden setzte sich gegen die zweifache Kolonisation entschieden zur Wehr. Es gab heftige Konflikte, in denen sich Baganda nicht behaupten konnte und lokale Chefs eingesetzt wurden.